チャレンジモード

2F・・・アカチャッピー×1、コアカチャッピー×5

名前の通り、小手調べというかチュートリアルのようなつくりになっているステージ。2Fはまずコチャッピーを倒しながら卵で花ピクミンに変え、アカチャッピーを倒してカギを入手しよう。ゲキカラは惜しまず使ったほうが時間短縮できる。

1F・・・アカチャッピー×1、コアカチャッピー×5
2F・・・テンテンチャッピー×1、テンコチャッピー×5

1Fでまず紫ピクミン×15作成し、蜜を吸わせて花ピクミンにする。落ちている宝のほか、オオガネモチ・コガネモチ・オナラシがそれぞれ宝を持っているので倒して回収。
2Fは埋まっている宝がいくつかある。白に掘り出させ、ゲキカラでスピードアップした紫で運搬。フーセンドックリは先に倒しておく。また、タマゴムシは紫のヒップアタックで全滅させれば得点アップに繋がる。

1F・・・オオガネモチ×1、コガネモチ×1、オナラシ×1
2F・・・オオガネモチ×1、コガネモチ×1、オナラシ×1、フーセンドックリ×1、タマゴムシ

２Fのテンテンチャッピーは、目を覚ます前にゲキニガ使用で倒す。ゲキカラは運搬スピードのアップに利用すると良い。宝は高台にあって見落としがちなものが多いので注意。

1F・・・ブタドックリ×1、ダンゴナマズ×3、シャコモドキ×3、イモガエル×1

ゲキカラはゲートを壊す際に使用。イモガエルはゲキニガを使うと無駄なく倒せる。ピクミンをお宝運搬班とゲート破壊班に分けても良い。

1F・・・ハチャッピー×2、タマゴムシ

1Fではまずハチャッピーを仲間にして、卵で全員を花ピクミンに。タマゴムシが出る場合もあるので、上手く倒して得点を稼ぎたい。
2Fのヤキチャッピーはゲキニガとゲキカラ使用で、赤&ハチャッピーで倒すこと。石化しても火は消えていないので注意。

1F・・・コアカチャッピー×1、テンコチャッピー×1、チビクマ×1、ユキチャッピー×1
2F・・・ブタドックリ×1、ミズブタ×1

1Fは、まずピクミンアタック(自信が無ければリーダーの攻撃で)コチャッピーたちを倒すし、ポポガシグサでピクミンを増やす。2Fに電気トラップがあるので、黄ピクミンを少し増やしておくといいだろう。増えたピクミンを花ピクミンにしたら、お宝優先、それぞれ必要最小限の人数で運んでしまうこと。
2Fはまず、電気トラップを破壊してブタ2匹を倒す。ブタドックリは赤で、ミズブタは青で倒すのが理想だが、いない場合はポポガシグサで増やすか、ゲキニガで片付けてしまおう。埋まっているお宝を回収するのを忘れずに。

1F・・・フタクチドックリ×1、ブタドックリ×1、ユキチャッピー×3
2F・・・ミヤビフタクチ×1、ブタドックリ×1、テンコチャッピー×3

フタクチドックリを倒す際、吹き飛ばしでピクミンを奈落の底に落とされないよう注意。ここはお宝が多い為、ピクミンの数が減るとスムースに回収するのが難しくなる。
2Fは配置によっても異なるが、まずミヤビフタクチを倒し、そのあとゲキニガでブタドックリを倒す(余裕があれば岩を誘導してブタドックリを倒しても良い)。そしてゲキカラで掘削、運搬作業をスピーディーに行うと良い。

ハンボ×１０匹ぐらい

作りはシャワールーム地下４Ｆと同じです。初めはコッパチャッピーが２匹しかいないので、ポポガシグサでピクミンをありったけ増やしましょう。カギは、ハンボがもっているので、ハンボを倒しまくってください。そして余った時間でお宝を集めてください。

アカコチャッピー、ウジンコ（♂）、ウジンコ(♀）、ダマグモ

敵は多いが、正攻法で楽にいけます。ダマグモにはゲキカラスプレーを惜しみなく使いましょう。時間には注意を。

アカチャッピーが集まったらゲキカラスプレーを使い、次にゲキニガスプレーを使って倒す。カギは５体のアカチャッピーの１匹が持っている。

とにかく難しいです。ケチャッピーとアカチャッピーには紫、ユキチャッピーとアカコチャッピーには、数で勝負。
２階、クマチャッピーとチビクマを先に倒し、（苦手な人は石化しても問題ない。しかし、全部使うと後がきつい）その後にテンテンチャッピーなどを倒す。
３階、ポポガシグサで赤ピクミンを増やし、戦いに備える。ヤキチャッピーは水の外に誘導し、赤ピクミンで倒す。（苦手な人は石化で）
４階、子供産みクイーン。普通に顔に投げ、振払う前に戻す・・・のくり返し。ゲキカラはここで使う。
５階、爆弾岩で気絶させ、その隙にピクミンで攻撃。爆弾岩＋地震（紫）のダブル気絶（笑）も良い。Mr．ハニーも忘れずに。ゲキカラはここで使う。